Né à Grembergen-lez-Termonde, il grandit à Bruges, où son père est substitut du procureur du Roi. La maison de sa petite enfance se situait Langestraat 1 (actuel Hotel Ter Reien). Cette enfance brugeoise marquera à jamais son œuvre du sceau de la nostalgie et du regret d'une ville idéale.

En 1866 Khnopff déménage à Bruxelles, rue Belliard, son père ayant obtenu une promotion dans la magistrature. Après une année de droit à l'Université libre de Bruxelles, il entre à l'Académie des beaux-arts en 1876. Il y fait la connaissance de James Ensor et de Jean Delville.

En 1883, il est un des membres fondateurs du groupe bruxellois d'avant-garde Les Vingt dont il dessine le monogramme.

Influencé par le courant préraphaélite, et plus particulièrement Edward Burne-Jones, Khnopff participe aux premiers Salons Rose-Croix organisés par Sâr Péladan à partir de 1892. Il crée les frontispices de la plupart des œuvres du mage rosicrucien.

Marguerite, la sœur admirée de ce dandy solitaire, est son principal modèle. Les filles, à la chevelure rousse, de l'architecte Henri Maquet la remplaceront par la suite.

Lors de l'exposition de la Sécession viennoise en 1898, Khnopff fait sensation et connaît la notoriété internationale. Cette exposition influencera de façon décisive l'œuvre de Gustav Klimt.

De 1902 à 1904, il se souvient de son enfance brugeoise et compose de nombreuses œuvres prenant pour motif sa ville d'élection. Certaines d'entre elles se basent sur des photographies (ca. 1900) de l'Anversois Gustave Hermans. Toutes rendent hommage à l'univers teinté de silence et de mélancolie décrit par Georges Rodenbach, l'auteur de Bruges-la-Morte.

Dans le but de réaliser certaines œuvres, il prend préalablement des photographies, notamment de sa sœur Marguerite (entre autres pour Memories). D'autre part, il fait photographier certaines de ses œuvres par le photographe bruxellois Alexandre (Albert-Edouard Drains). Celui-ci en fait des tirages au platinotype que Khnopff rehausse au pastel et aux crayons de couleurs. Ces épreuves sont signées par l'artiste et vendues, telles des estampes.

À cette époque, il crée également des costumes au Théâtre de la Monnaie (Bruxelles). L'univers des actrices aguichantes lui fera perdre son penchant pour les femmes mystérieuses et éthérées. Dans les années 1910, Fernand Khnopff fréquente l'Église de la Nouvelle Jérusalem qui dispense l'enseignement mystique du philosophe Emanuel Swedenborg, ce qui donne des indications précieuses sur son univers spiritualiste.

Son atelier, qu'il avait transformé en temple du Moi, se dressait avenue des Courses à Bruxelles. Il a été détruit dans les années trente. Toutefois, il subsiste des vestiges de l'atelier de sa période de gloire (1888-1900) à Saint-Gilles, 1, rue Saint-Bernard (angle du 1er étage).

Il est inhumé au cimetière de Laeken (Bruxelles), non loin de son maître Xavier Mellery.

Oeuvre :

Deux types de femmes caractérisent son œuvre : la femme sphinx et la femme ange. Le regard des femmes dans ses tableaux est très important. C'est un regard vide qui évoque la mort, un regard qui évoque un autre monde. Ses compositions emplies de mystère, où règnent des femmes inaccessibles, entourées d'objets chargés de symboles ou plongées dans une profonde rêverie, s'imposèrent d'emblée comme l'incarnation du nouveau courant pictural.

Ses paysages de Fosset (commune de Sainte-Ode), hameau situé dans la région de Saint-Hubert, et de Bruges abordent les thématiques de l'eau et de ses reflets, du crépuscule et de la solitude. Les couleurs sont une des caractéristiques primordiales de son œuvre : les gammes de tons délavés accentuent l'aspect nostalgique et froid de ses tableaux. Les pastels évoquent le monde du rêve. Le bleu, par exemple, est la couleur du ciel et d'Hypnos, dieu du sommeil. Assez logiquement, Khnopff privilégie donc l'aquarelle et le dessin au crayon par rapport à la peinture à l'huile. Le cadrage est toujours moderne et original.

On peut caractériser le symbolisme de Khnopff en utilisant une phrase d'Edmond-Louis De Taeye en 1898 : « ni religieux, ni chrétien, ni mythologique, mais plutôt emblématique ». Sa lecture est souvent énigmatique, voire impossible, mais une exquise délicatesse de composition, une grande séduction de style et une évidente subtilité intellectuelle corrigent toujours cette faiblesse.

L'une de ses œuvres les plus célèbres est Des caresses, parfois appelé "l'Art", ou le Sphinx.

Son goût pour le télescopage d'objets insolites annonce le surréalisme de son compatriote Magritte qui l'admirait. Il est également un précurseur de la notion contemporaine des mutiples chers à Andy Warhol.